我国的生态环境国家补偿机制运行中存在一些问题:集体林地"三权分置"补偿不明晰;森林生态资源利用补偿不充分;河湖生态保护补偿机制不建全。这些问题主要归因于:配套体系建设力度较弱;碎片化状态降低运行和优化速度;数字化程度有待提高;多元主体参与积极性较低。实施一些举措能够有效完善生态环境国家补偿机制。