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摘要
目的应用宏基因组测序检测重症患者感染病原体,了解在重症患者中的应用对寻找感染病原体的帮助。方法对1例表现为腹痛、逐渐进展至意识障碍合并严重感染的急性重症胰腺炎患者,用传统方法检测病原体的同时应用宏基因组测序。传统方法包括:常规涂片、培养,VitekII Compact全自动微生物鉴定和药敏分析,实时荧光定量PCR检测病毒载量,以及免疫组织化学等病理检查。宏基因组测序则采用基于BGISEQ-100高通量测序平台的二代测序,剔除人类宿主序列后,将保留下来的序列与包含病毒、细菌、真菌和寄生虫基因组序列的微生物基因组数据库进行比对,确定标本中所有的病原体。结果传统检验发现该患者感染了耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌、耐碳青霉烯的肺炎克雷伯菌和耐碳青霉烯的鲍曼不动杆菌。宏基因组测序结果不仅检出了前述病原体,还检查出了加重疾病恶化的巨细胞病毒(CMV),耗时约5 d。实时荧光定量PCR补充病毒载量检测证实其CMV载量为189 000 copies/mL。结论在本例重症患者中,宏基因组测序一次性快速准确检出了3种病原菌和1种病毒,可辅助重症患者感染病的快速诊断。
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单位四川大学华西医院; 生物治疗国家重点实验室
