水利工程建设会对流域的水质产生不利影响,开展生态水利工程建设时,需要从水质改善角度入手。以贵州省南明河作为研究对象,对南明河生态水利工程建设中存在的包括水体污染严重、截污工作不够完善及生态系统脆弱等问题进行分析,基于水质改善视角,提出应将生态理念贯穿于整个工程建设中,通过水生动植物群落的创建,保障流域内生态多样性,并采用人工干预方式,为流域自我建设及自我调节提供保障,将水利工程建设对流域的影响降到最小,实现流域生态健康发展。