非小细胞肺癌中免疫相关基因的预后作用

作者：崔笑; 廖正凯^*

来源：中国医药生物技术, 2021, 16(04): 322-331.

• 非小细胞肺癌
• TCGA数据库
• 免疫相关基因
• 预后模型

目的构建非小细胞肺癌免疫基因预后模型,验证其与预后的相关性。方法通过ssGSEA对TCGA数据库中非小细胞肺癌样本进行免疫细胞浸润相关性的分析,将肿瘤样本分为高免疫组和低免疫细胞浸润组,并经过ESTIMATE算法、免疫基因相关性分析及CIBERSORT算法进一步验证分组效果。使用R软件"limma"包筛选高、低免疫组及癌和癌旁各自的差异基因,取交集基因进行功能聚类分析。应用单因素Cox回归分析与预后相关的基因,通过Lasso回归和多因素Cox回归分析构建预后模型,并使用Kaplan-Meier验证模型与患者生存的预后相关性。单因素Cox分析和多因素Cox分析验证了免疫基因预后相关模型为独立预后因素,ROC分析进一步验证其对生存预测的准确性。结果根据转录组测序结果将所有样本分为高免疫细胞浸润组和低免疫细胞浸润组,不同组别间HLA家族基因和PD-L1表达量有显著差异。对筛选出的免疫相关差异基因进行蛋白互作网络分析和细胞功能聚类分析,并构建免疫基因预后模型。Kaplan-Meier验证了该模型与患者生存具有预后相关性。ROC曲线验证该模型为预后相关因素。结论非小细胞肺癌中差异表达基因与免疫相关基因的交集可用于构建免疫预后模型,确认其具有免疫预后功能。

• 单位
  武汉大学中南医院