基于GEO数据库筛选滤泡性甲状腺癌关键基因及生物信息学分析

作者：陈保林; 李佳阳; 姜焱; 罗承敏; 鲍宇翔; 闫忠梁; 程晓明; 吕俊远^*

来源：中国现代医生, 2023, 61(21): 44-49.

• 滤泡性甲状腺癌
• 滤泡状腺瘤
• 差异表达基因
• 生物信息学
• 金属硫蛋白

目的 滤泡性甲状腺癌（follicular thyroid carcinoma,FTC）临床上较少见，其在疾病早期即可发生血行转移。本研究利用生物信息学方法探索FTC发生发展的关键基因、发掘FTC的致病机制及治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库（gene expression omnibus,GEO）下载基因芯片GSE82208，利用R软件分析以获得差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs），利用数据库注释、可视化和综合发现（database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID）在线网站对DEGs进行基因本体论（gene ontology,GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析。对DEGs行蛋白质–蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）分析，并筛选核心基因，对核心基因进行生存分析。结果 共筛选获得74个DEGs，其中表达上调基因61个，表达下调基因13个。GO富集在细胞对锌离子的反应、细胞对镉离子反应、细胞核及金属离子结合等过程。KEGG信号通路富集在矿物质吸收信号通路。通过对PPI网络分析，筛选出核心差异表达基因MT1E、MT1F、MT1G、MT1H、MT1M、MT1X和MT2A共7个金属硫蛋白基因。生存分析发现MT1F和MT1M与甲状腺癌患者预后相关（P<0.05）。结论 金属硫蛋白介导的金属离子代谢紊乱与FTC密切相关，有望成为FTC的诊治靶点。

• 单位
  遵义医科大学