本发明公开了一种血根碱和白屈菜红碱分离制备工艺,其特征是以博落回提取物或其他含血根碱和白屈菜红碱等生物碱的植物提取物为原料,加水溶解,超声提取,滤液装入装好的经甲醇浸泡处理过的大孔吸附树脂玻璃层析柱中,再分别分步骤用不同浓度的甲醇水溶液、100%乙醇、水进行冲洗,分离,分别收集主要含白屈菜红碱的洗脱液和主要含血根碱的洗脱液,在适当条件下分别进行重结晶。所得血根碱和白屈菜红碱的盐酸盐纯度达98%以上(HPLC),回收率达50%以上,对环境污染少,制造成本低,适于工业化生产。