本发明提供一种面向水华防控的水工程多目标优化调度方法,方法包括:步骤一,构建面向生态、水量和发电需求的多目标函数,以各时段水库出库流量为决策变量的面向水华防控的水工程联合调度模型;步骤二,运用一维对流扩散方程模拟水华水质扩散运移,以评估生态、水量和发电调度目标函数;步骤三,采用多目标蚁狮优化算法求解调度模型,获取可协同优化水华防控与水量、发电调度目标的帕累托解集,提供水工程多目标优化调度方案;步骤四,布设水体脱氮除磷装置于下游水体富营养化区域,为水华防控提供工程措施。