新型冠状病毒肺炎患者差异表达先天免疫基因及其与24种免疫细胞丰度的关系

作者：余耀华; 张兵; 张华^*

来源：河南医学研究, 2022, 31(21): 3841-3845.

• 严重急性呼吸综合征冠状病毒2
• 先天免疫基因
• COVID-19

目的 鉴别新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者外周血差异表达先天免疫基因并探讨其与24种免疫细胞丰度的关系。方法 从GEO数据库下载GSE161731表达谱数据集，采用GENCODE人类基因组GRCh38注释文件进行基因重注释，以校正后的P<0.05及|log2 FC|>2为阈值筛选COVID-19患者与健康对照人群间的差异表达基因(DEGs)。采用InnateDB数据库中的人类先天免疫基因集鉴定差异表达先天免疫基因(DEIIGs)并采用Metascape平台进行GO和KEGG功能富集分析，使用ImmuCellAI平台预测24种免疫细胞丰度。结果 共筛选出88个DEGs,其中上调基因49个，下调基因39个，UCHL1、IFI27、PPARG、CCL2、IGF1、BIRC5、IGHG1是鉴别出的7个DEIIGs。GO分析富集于STAT受体信号通路、淋巴细胞活化的正向调控和细胞因子介导的信号通路；KEGG分析富集于癌症代谢途径。COVID-19患者外周血幼稚CD4+T细胞、辅助性T细胞1(Th1)和中枢记忆性T细胞(Tcm)丰度降低，而Ⅰ型调节性T细胞(Tr1)和天然调节性T细胞(nTreg)丰度高于健康对照人群(P<0.05)。幼稚CD4+T细胞丰度与PPARG、IGHG1表达呈负相关，Tr1丰度与IGHG1表达呈正相关，nTreg丰度与BIRC5表达呈正相关，Th1与IFI27表达呈正相关。结论 幼稚CD4+T细胞、Tr1、nTreg和Th1丰度可能分别与PPARG、IGHG1、BIRC5和IFI27基因表达改变有关。

• 单位
  郑州大学