犬冠状病毒JS1706和JS1712毒株基因组3′端分子特性分析

作者：汤也; 陈怡; 田晓彦; 吕海峰; 甘军纪^*

来源：中国畜牧兽医, 2021, 48(11): 4231-4241.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2021.11.033

• 犬冠状病毒
• 3′末端
• 基因组
• 系统进化分析

为了全面了解犬冠状病毒(CCoV)分离毒株JS1706和JS1712基因组3′端主要结构蛋白基因和非结构蛋白基因的分子特征,本研究设计了8组引物进行RT-PCR扩增,产物经测序和拼接后,获得了约8.7 kb基因组片段,该基因组结构及其编码蛋白顺序为5′-S-3abc-E-M-N-7ab-3′。对CCoV JS1706、JS1712株8.7 kb基因组核苷酸序列与α冠状病毒属参考毒株的相同区域核苷酸序列进行比对,结果表明,2个分离株与CCoVⅡ型参考毒株相似性最高(83.4%～93.1%),其次为FCoVⅡ型参考毒株(87.1%～87.9%)、TGEV参考毒株(86.1%～86.8%)、CCoVⅠ型参考毒株(72.0%～72.1%)和FCoVⅠ型参考毒株(67.5%～69.9%)。JS1706、JS1712毒株与同属冠状病毒参考株的结构蛋白S、E、M和N蛋白氨基酸相似性分别为46.4%～95.2%、75.6%～100%、82.8%～99.2%和78.5%～99.7%。说明同属内冠状病毒的S基因变异度大,E、M、N基因相对保守。根据基因组3′端8.7 kb核苷酸序列和S蛋白氨基酸序列相似性比对结果,JS1706和JS1712毒株均与泛嗜型原型株CB/05相似性最高,分别为93.0%～93.1%、94.8%～95.2%,其他结构蛋白包括E、M和N氨基酸序列比对也发现与CB/05株的相似性较高,分别为97.6%～100%、92.4%～93.1%和97.9%。S蛋白氨基酸序列的进一步分析表明,JS1706和JS1712毒株的S蛋白N端有一些特有氨基酸,S蛋白氨基酸序列中没有明显的S1/S2蛋白酶切位点(RRARR),但在958—963位氨基酸有S2′裂解位点特征基序(KRKYRS)。基于S蛋白氨基酸序列构建的系统发育进化树分析显示,CCoV JS1706和JS1712株与CCoVⅡa亚型参考毒株和FCoVⅡ型参考毒株聚集形成一个分枝。CCoV JS1706和JS1712株非结构蛋白的编码基因ORF3abc和ORF7,其结构、大小与经典疫苗株INSAVC-1相似,无明显插入、缺失和移码突变。本研究有助于深入了解国内CCoV流行毒株的分子特性,为后续分子流行病学调查、诊断试剂和疫苗研发奠定了基础。

• 单位
  江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心; 扬州大学