口蹄疫O型Ind-2001毒株VP1蛋白T细胞、B细胞优势抗原表位的预测

作者：**; 常艳燕; 张光磊; 邵军军; 孔洁; 常惠芸^*

来源：中国病原生物学杂志, 2019, 14(12): 1398-1402.

DOI：10.13350/j.cjpb.191207

• 口蹄疫病毒
• 预测
• 二级结构
• 抗原表位
• 疫苗

目的获得口蹄疫病毒O/Ind2001株VP1蛋白的抗原信息。方法采用生物信息学方法预测VP1蛋白二级结构及其T、B淋巴细胞优势抗原表位。从GenBank中获取蛋白基因信息,通过DNAStar生物学软件、SOMPA预测蛋白质的二级结构及其理化性质;通过Phyre的同源建模服务器预测蛋白质三级结构;通过ABCpred、SYFPEITHI、IDBE等工具联合预测蛋白的T、B淋巴细胞的优势抗原表位。结果该蛋白由213个氨基酸组成,原子组成为C1048H1674N298O310S4,pI值为9.32,不稳定系数为21.89,亲水系数-0.327,为稳定性亲水蛋白。其二级结构主要成分为无规则卷曲,约占47.42%,预测含有多个T、B淋巴细胞抗原表位。结论生物信息学方法预测口蹄疫O型Ind-2001毒株VP1蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位,可为其表位疫苗的研究提供参考。

• 单位
  中国农业科学院兰州兽医研究所; 家畜疫病病原生物学国家重点实验室