基于重测序的深县猪群体结构和选择信号研究

作者：冯韶华; 李尚; 刘刁; 芦春莲; 曹洪战^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2021, (16): 35-148.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2020.03.0802

• 深县猪
• 重测序
• 群体结构
• 主成分分析
• 选择信号

为了鉴定深县猪的遗传结构和特有的选择区域,试验采集5头黄瓜嘴和5头五花头深县猪的耳组织提取基因组进行基因组重测序,与NCBI数据库中9头大白猪的基因组全序列进行对比分析,采用主成分分析和群体遗传结构分析研究深县猪和大白猪两个品种的遗传关系,并通过遗传分化指数(Fst)和核酸多样性(θπ)分析,筛选相对于大白猪群体深县猪群体基因组中受到选择的区域。结果表明:深县猪和大白猪两群体具有独立的遗传背景,两个品种猪的基因组交流较少;深县猪群体内部存在分化,有两个品系。深县猪共有1 509个受选择的位点,筛选到19个差异基因(CXCL8、GLRB、CD180、TMOD2、AFP、ALB、RASSF6、AMBN、CSN2、CSN3、DMTF1、IGFBP7、IMPAD1、NAP1L4、NPY1R、ODAM、SLC4A4、WDR5、AFM),分别被富集到哺乳、含牙质的牙齿发育、体液分泌、宿主交互、G蛋白偶联受体介导的信号传导、牙齿发育、神经肽信号通路、乳腺发育、化学突触传导、顺行突触信号GO条目上。说明深县猪群体具有丰富的遗传多样性,遗传结构相对独立,筛选的选择区域能够为深县猪遗传改良提供参考依据。

• 单位
  动物科技学院; 河北农业大学