针对明中期以来部分儒家学者在为学工夫中陷入体用分离的弊端,刘元卿继承与发扬耿定向"真机不容已"之旨与"学有三关"说,构建起以"体用合一"为特征的学说体系。通过论证"生生不容已"之本心,刘元卿明确了自然之欲与不容已之本心的体用关系。在为学工夫方面,刘元卿奉行孔子的"一以贯之"之道,主张以"欲明明德于天下"的为学志向来引领"诚其意"工夫的落实,最终实现外在工夫与内在本体的自然统一。