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摘要
目的:研究淫羊藿中21个抗骨关节炎成分与AKT1等6个潜在抗骨关节炎核心靶点的结合模式和相互作用。方法:采用AutoDock 4.2分子对接软件,将21个抗骨关节炎成分及潜在核心靶点中的原始配体的二维结构转化成三维结构,确立其空间坐标,再设置受体蛋白的网格,并运行对接程序,进行对接运算。分子对接数据以估计抑制常数(Ki值)为参考,同时比较分子对接构象,分析化合物与靶蛋白的结合作用。结果:从分子对接数据上看,大部分对接化合物与RELA蛋白对接的Ki值都达到了纳摩尔水平,其中化合物4对接的Ki值最小,为6.84 nmol·L-1;所有对接化合物中,化合物4与各蛋白的对接数据优于其他化合物,其中与FOS蛋白和RELA蛋白对接的Ki值分别为13.23 nmol·L-1和6.84 nmol·L-1,接近甚至小于各自原始配体对接的Ki值。化合物6和化合物13对接数据与化合物4相当,化合物11的对接数据是所有化合物中最差的。从分子对接构象上看,化合物4在空间上完全占据了RELA蛋白活性位点的三个活性口袋,并与周围的氨基酸形成氢键相互作用力,表现出较强的结合能力;化合物11未能完全匹配RELA蛋白的活性腔,与RELA蛋白结合不牢固,表现出较弱的虚拟活性。结论:淫羊藿中抗骨关节炎成分对潜在核心靶点有一定的选择性,主要作用于RELA蛋白。化合物4、化合物6和化合物13等几个结构类似的化合物在空间上能够完全占据RELA蛋白活性位点中三个活性口袋,呈现较强的骨关节炎虚拟抑制活性,是淫羊藿发挥抗炎作用的主要成分,类似直链结构的化合物11则很难完全匹配RELA蛋白的活性位点。本研究将为骨关节炎抑制剂的开发提供一定理论指导。
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