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摘要
目的:基于芯片数据采用生物信息学方法,挖掘与宫颈上皮内瘤变(cervical intraepithelial neoplasia,CIN)进展相关的信号通路和潜在差异表达基因。方法:在GEO数据库中筛选CIN进展相关m RNA表达谱芯片数据,并通过生物信息学方法进行再次分析。结果:在GEO数据库获得GSE63514、GSE51993芯片数据,将共同差异表达基因信号通路富集获得Wnt、Endocytosis、Vibrio cholerae infection与CIN进展显著相关的3条信号通路,及调控这些信号通路的14个差异表达基因。通过生物学注释与文本挖掘,发现3个基因与CIN进展相关,另有9个基因与肿瘤的进展和复发相关。通过Gene Mania工具分析发现所有筛选的基因都与已知的CIN相关基因互作形成蛋白互作网络。其中CCND2和TGFBR2与多个已知基因存在直接互作。结论:通过对芯片数据再次分析,筛选出3条信号通路及14个差异表达基因与CIN进展相关。
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单位广西医科大学附属肿瘤医院
