基于免疫相关基因的生物信息学分析构建头颈部鳞癌预后模型

作者：沈阳; 秦建晔; 孙博文^*

来源：上海医药, 2021, 42(24): 23-32.

• 头颈部鳞癌
• 随机生存森林
• 预后模型
• 免疫治疗
• 肿瘤微环境

目的:以免疫相关基因的生物信息学分析为基础,构建头颈部鳞癌预后模型。方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)下载头颈部鳞癌患者的基因表达数据和临床数据,从ImmPort数据库下载免疫相关基因,通过单因素Cox回归分析、LASSO回归分析和多因素Cox回归分析得到相应预后基因并构建预后模型。运用KaplanMeier生存分析、受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)进行模型的内、外部评价。采用多因素Cox回归鉴定模型能否作为独立预后因子。通过诺莫图和决策曲线评价模型的精确度和有效性。结果 :单因素Cox回归分析初步得到162个与预后相关的免疫基因,LASSO回归进一步缩减到24个基因,多因素Cox回归分析最终确认11个,构建预后模型。通过Kaplan-Meier生存分析发现在训练集与测试集中,低风险组生存时间远大于高风险组(P <0.001)。且预后模型的1、2、3年的ROC曲线下面积AUC较大。多因素Cox回归分析发现模型的风险比(HR)=1.3、95%CI=1.289～1.508、P <0.001。经决策曲线验证预后模型与分级、分期、年龄、性别一起联用时,患者净收益最大。校正曲线得知3、5年的C指数均为0.705。结论 :成功建立了11个免疫相关基因的头颈部鳞癌预后模型,该模型能较好的预测患者的预后情况。

• 单位
  上海中医药大学; 上海健康医学院