圆测作为唯识学大师,在此方面著述甚多,但其流传至今的唯有《解深密经疏》。在此著中,圆测对唯识学的根本经典之一《解深密经》予以了较有特色的诠释。他虽以玄奘唯识新学的立场为主,但能以合理的方式对待真谛唯识旧学,反映到此注疏中是对后者常有正面引述。在对《解深密经》的有无说的诠释中,也是如此。不过,具体到对三自性说的诠释,则基本采用唯识新学的立场。