肺腺癌中CDK1的生物信息学分析

作者：马玉博; 潘博; 赵若晗; 任凤云^*

来源：包头医学院学报, 2022, 38(07): 33-76.

DOI：10.16833/j.cnki.jbmc.2022.07.008

• 生物信息学
• CDK1
• 肺腺癌
• GEPIA

目的:分析基于生物信息学对CDK1在肺腺癌(LUAD)中的表达和临床意义。方法:通过GEPIA分析CDK1的表达，在UALCAN数据库中分析肺腺癌分期、淋巴结转移等临床特征与CDK1表达的关系，GEPIA分析CDK1表达与肺腺癌预后的关系，Oncomine数据库挖掘CDK1的共表达基因，WebGestalt对共表达基因进行G0和KEGG通路富集分析。String数据库整合基因蛋白互作网络(PPI),并进行Cytoscape可视化分析，CytoHubba挑选核心基因。Kaplan-Meier plotter和GEPIA数据库对筛选出的hub基因进行了更多的分析和验证。结果:在肺腺癌中，CDK1表达明显高出正常组织(P<0.01)。UALCAN数据库分析表明肺腺癌患者的分期、性别等临床特征与CDK1的表达没有显著相关性。GEPIA分析显示，与CDK1高表达的肺腺癌患者相比，CDK1低表达患者的总生存率增加(P<0.05)。Oncomine数据库筛选出CDK1的共表达基因有TOP2A、MCM4等18个基因。GO分析显示，CDK1共表达基因主要与染色体定位、染色体凝集、ATP酶活性相关KEGG分析显示，CDK1共表达基因参与p53信号通路等进程。借助String、Cytoscape、CytoHubba,获得CDK1共表达基因的PPI网络，继而挑选hub基因，按Degree大小排列顺序选择5个hub基因，分别是CDC6、MAD2L1、TOP2A、KIAA0101、 MCM4。最后，证实5个hub基因和肺腺癌患者的预后密切相关。结论:在肺腺癌患者中CDK1高表达，且与肺腺癌患者的预后息息相关，为肺腺癌的治疗及诊断提供重要指导。

• 单位
  牡丹江医学院附属红旗医院