基于流式细胞术和基因组Survey测定瓜子金基因组大小

作者：杨跃仙; 郭乔仪; 乔璐; 张兰仙; 原晓龙^*; 王毅^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-15.

• 瓜子金
• 流式细胞术
• 全基因组Survey分析
• 基因组大小(C值)

瓜子金(Polygala japonica Houtt.)是一些亚洲国家的传统药材，具较高的药用和经济价值。为全基因组测序及其组装策略提供研究基础、确定其基因组大小及复杂程度，本研究以玉米为参考基因组，采用流式细胞实验和基因组survey分析结合的方式预测瓜子金基因组的大小及其特征信息。研究结果显示，(1)流式细胞术估算瓜子金基因组大小约为459.66 Mb；(2)高通量测序获得原始数据29.19 Gb，处理后得到约27.03 Gb的Clean data，数据质量良好；(3) K-mer分析预估瓜子金基因组为高杂合基因组，基因组大小约为421.37 Mb，杂合度为0.9%左右，GC含量为39.02%；(4) NT数据库比对发现白远志(Polygala alba)、远志科黄叶树属Xanthophyllum eurhynchum和十字远志(Polygala cruciata)是瓜子金的近缘种。本研究通过对瓜子金基因组大小及其杂合度、GC含量等基本特征信息的分析，以其为其全基因组从头测序和组装策略提供有效依据。

• 单位
  云南现代职业技术学院; 云南林业职业技术学院