基于GPU平台的联合迭代重构算法加速

作者：张广勇; 卢晓伟; 沈铂; 张凯; 储琪; 赵开勇

来源：计算机科学, 2012, (05): 310-313.

• 电子断层三维重构
• 联合迭代重构法
• 并行计算
• GPU
• CUDA
• ATOM Electron tomography
• SIRT
• Parallel computing
• ATOM

电子断层三维重构技术(Electron Tomography,ET)是在纳米尺度下研究不具有全同性的细胞或大分子三维结构的重要方法。迭代重构法是ET中重构效果最好的方法,但是其性能较差,重构大尺寸图像时需要数天的时间甚至更长,使其应用受到限制。迭代重构法中经典的方法是代数重构法(Algebraic Reconstruction Technique,ART)和联合迭代重构法(Simultaneous Iterative Reconstruction Technique,SIRT),SIRT算法总是收敛的并且比ART重构的效果更好。利用CUDA语言设计和实现了基于Tesla C1060GPU平台上...

• 单位
  中国科学院生物物理研究所; 中国科学院计算技术研究所; 香港浸会大学; 生物大分子国家重点实验室