WGCNA鉴定奶山羊妊娠至泌乳期乳腺发育关键基因

作者：高慧杰; 郑惠玲^*

来源：畜牧兽医学报, 2020, 51(11): 2679-2688.

• 加权基因共表达网络分析
• 乳腺发育
• 妊娠期
• 泌乳期
• 山羊

旨在通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选奶山羊不同生理阶段乳腺发育的关键基因。本研究从GEO数据库中下载奶山羊不同生理阶段(妊娠46天、70天、90天、110天和产后40天)的乳腺组织微阵列数据集GSE14008,使用R语言的WGCNA包对数据进行共表达分析。将得到的模块与生理阶段进行关联分析,选择目标模块,并根据连接度选出枢纽基因。使用DAVID网站对模块进行富集分析后,使用String网站构建模块的蛋白互作网络,并使用Cytoscape软件得到核心基因,最终与枢纽基因取交集得到目标基因。对18个样本的8 443个基因进行加权基因共表达分析,得到30个模块,并选出4个与不同生理阶段相关的目标模块及每个模块的30个枢纽基因,同时也得到4个模块的蛋白互作网络及每个网络的20个核心基因。最终,4个模块共得到13个与乳腺发育相关的目标基因(UQCR、RGL2、NOTCH1、PTBP1、PPP5C、FZR1、UBE2L3、TNF、MAT2A、ITGB2、GPR18、JAK1、CSN2)。本研究通过WGCNA、GO富集分析和PPI网络等生物信息学技术,阐明了不同生理时期乳腺发育的关键过程,及在这些过程中起关键作用的基因,这为进一步研究乳腺发育机制提供了新的思路和线索。

• 单位
  西北农林科技大学; 动物科技学院