冻存器官和甲醛固定石蜡包埋组织中RNA的定量表达

作者：吕叶辉; 黎世莹; 李志宏; 陶瑞旸; 邵煜; 胡茜; 杨智昉; 陈忆九^*

来源：法医学杂志, 2019, 35(04): 387-392.

• 法医病理学
• 核糖核酸
• 石蜡包埋
• 冷冻保存
• 反转录聚合酶链反应
• 核糖核酸完整性指数

目的定量分析并对比冻存器官和甲醛固定石蜡包埋(formaldehyde-fixed and paraffin-embedded,FFPE)组织中核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)的表达情况。方法选取不同死亡时间人体脑、心肌和肝组织的冻存及FFPE样本,提取并检测RNA质量浓度,运用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)技术分析各RNA指标的扩增效率及相对表达量。结果与冻存样本相比,FFPE样本中所提取RNA的质量浓度和完整性相对较低。各RNA指标扩增效率与RNA种类及扩增产物长度有关,其中扩增产物较长的甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)及β-肌动蛋白(β-actin,ACTB)扩增效率不理想,而5S核糖体RNA(5Sribosomal RNA,5S rRNA)扩增效率理想且在各组织中表达稳定,故选为内参指标。较长死亡时间的冻存样本及FFPE样本中扩增产物较长的GAPDH及ACTB表达量下降,而组织特异性微小RNA(microRNA,miRNA)以及扩增产物较短的GAPDH和ACTB在同一组织冻存和FFPE样本中表达具有一致性。结论通过标准化RT-qPCR实验,选取合适的RNA指标及设计合适产物长度的引物,能够准确定量FFPE样本中RNA的表达水平。

• 单位
  上海健康医学院; 四川大学; 基础医学院; 司法鉴定科学研究院