针对多种脉内调制信号同时存在的识别问题,提出了基于分数阶傅里叶变换(FRFT)和多重相位差分相结合的雷达信号脉内调制识别算法,通过两种识别算法的嵌套使用,实现了信号的粗分到细分。采用FRFT区分线性调频(LFM)信号与其它编码信号,采用多重相位差分识别频率编码信号与相位编码信号,通过仿真实验验证了该信号识别算法的有效性。