结直肠癌血液外泌体ceRNA网络的构建及生物信息学分析

作者：闵海; 熊宇; 余鹏; 王赟; 张世超; 黄江涛; 刘鲜梅; 胡祖权; 曾柱^*

来源：基因组学与应用生物学, 2022, 41(03): 682-690.

DOI：10.13417/j.gab.041.000682

• 结直肠癌
• 生物信息学
• ceRNA
• 外泌体

为构建结直肠癌(colorectal cancer, CRC)患者血液外泌体circRNA/lncRNA-miRNA-mRNA的竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA, ceRNA)网络，预测差异表达基因(differentially expressed genes, DEGenes)之间的潜在调控机制，我们从exoRBase数据库下载健康人(Homo sapiens)及CRC患者血液外泌体中信使RNA(messenger RNA, mRNA)、长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)、环状RNA(circular RNA, circRNA)的基因数据，并进行差异筛选，共发现120个差异mRNAs, 52个差异lncRNAs和81个差异circRNAs。利用多个数据库预测与lncRNA、circRNA和mRNA结合的miRNA,进而成功构建lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络。基因本体(gene ontology, GO)分析表明，ceRNA网络中的DEGenes主要涉及细胞高尔基体的生物学调控及结构维持、细胞黏附连接及酶的催化活性。京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of gene and genomes, KEGG)分析共富集到14条信号通路，主要涉及志贺氏菌(Shigella)病和MAPK信号通路。因此，本研究成功构建了CRC患者血液外泌体ceRNA网络，为探究CRC的发病机制奠定了基础。

• 单位
  基础医学院; 贵州医科大学