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摘要
目的：利用生物信息学方法从基因组层面对丹参萜类合酶（SmTPS）基因家族成员进行全面鉴定和功能预测。方法：从NGDC、NCBI、TAIR和TFGD数据库分别获取丹参、拟南芥和番茄基因组与转录组数据。借助Perl语言、TBtools等工具对SmTPS进行全基因组鉴定与生物信息学分析。结果：共鉴定出52个TPS成员分布在丹参的8条染色体上；编码氨基酸数目在207～822 aa之间；等电点范围为 4.76～9.16，分子质量为 24.11～94.81 kDa，所有成员均为亲水蛋白。基因结构分析表明不同亚族成员之间内含子数差异明显，72.6% TPS-a、b、g亚族成员为6，88.9% TPS-c、e/f亚族成员大于10；蛋白motif相对保守。顺式作用元件分析表明，SmTPSs启动子区均含有大量光响应元件，大多数SmTPSs启动子区含有激素响应元件。基因表达模式分析显示SmTPS家族成员存在组织表达特异性，24个基因响应外源茉莉酸甲酯。结论：基于已发表丹参基因组，鉴定得到52个SmTPS家族成员，结合系统进化与表达模式对其功能进行了预测。本文为丹参中萜类化合物生物合成及调控机制全面解析提供了参考信息。
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