政府数据开放中的商业秘密数据保护是建立健全政府数据开放体系的重要内容。我国依托《政府信息公开条例》等法律建立了商业秘密数据保护的基本法律框架。要持续推动政府数据开放,必须突破这一框架所面临的商业秘密数据认定标准滞后、公益与私益冲突、侵权责任认定模糊以及补偿赔偿机制缺失等关键性困境。在借鉴域外先进经验的基础上,我国应当从技术标准、运作机制、权利配置以及组织体制层面等来设计措施,以加快推进政府数据开放进程。