基于GEO数据分析的猪病毒源siRNA

作者：吴耀棠; 吴洋; 赵晋豪; 卢丹青; 林建^*; 杨倩^*

来源：病毒学报, 2023, 39(02): 499-508.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004290

• RNA干扰
• 抗病毒系统
• 生物信息分析
• siRNA

RNA干扰（RNA interference,RNAi）是宿主细胞抗病毒的关键方法之一，其核心切割酶Dicer会将病毒复制过程中产生的双链RNA切割成长度为21-23 nt小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)。病毒源siRNA可直接靶向降解病毒的mRNA，阻断病毒复制。本研究一方面筛选NCBI GEO(National Center for Biotechnology Information Gene Expression Omnibus)数据库中有关猪病毒感染后产生的小RNA序列，分析比对病毒vsiRNA以探讨vsiRNA数量和其在病毒基因区域的存在规律。研究结果表明RNAi系统中Dicer对正链RNA病毒有一定的切割偏好性，并且可以识别与切割DNA病毒转录过程中产生的双链RNA。另一方面，本研究发现猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）感染猪骨髓源树突状细胞后，宿主细胞的IFN-α、IFN-β与Dicer的表达量均显著下调，表明PEDV通过抑制IFN及RNAi的产生来实现免疫逃避。综上，本研究以猪相关病毒感染细胞时所产生的vsiRNA为切入点，探讨RNAi在抗病毒过程中的作用，为猪相关疫病的研究以及防控提供一种新的思路。

• 单位
  南京农业大学; 生命科学学院