刑事诉讼法规定,检察机关公诉部门在审查起诉中,如果认为案件事实不清、证据不足,可以退回侦查机关补充侦查,也可以自行侦查。但实践中由于存在诸多困难,公诉自行侦查制度还未充分发挥其作用,不符合以审判为中心诉讼制度改革要求。本文从制度的定位、运行、原因等方面进行分析探讨,提出完善这一制度的对策建议。