胡萝卜果胶杆菌侵染下半夏转录组中SSR位点信息分析

作者：舒福兴; **; 贾启; 王馨瑶; 唐滢; 袁碧霞; 保正娟; 罗清清; 陈集双^*

来源：种子, 2023, 42(02): 116-120.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.02.116

• 半夏
• SSR
• 转录组
• 序列分析

为开发用于鉴定半夏抗软腐病品种的SSR标记，利用MISA和Excel软件统计分析胡萝卜果胶杆菌侵染下半夏转录组中SSR位点的基元类型、基元组成、出现频率、平均距离等信息。结果表明，在27 252条Unigene中找到符合条件的SSR位点40 621个，出现频率为36.09%,平均遗传距离为2.24 kb。这些SSR标记中二碱基重复是主要重复类型，占总SSR的41.69%,GA/CT、CCG/CGG、AGCT/AGCT、AAAAG/CTTTT分别是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基的优势重复单元。序列长度大于20 bp的SSR位点数占23.93%,其中长度大于30 bp的SSR位点数占据比例最多为10.53%。本研究发现，SSR位点的频率高、重复基元的种类多、分布密度大，证明其多态性好。可为后续半夏抗病品种的鉴定、分子育种、进化等研究提供依据。

• 单位
  遵义医学院医学与科技学院; 遵义医科大学