真菌分子系统学以分子生物学、遗传学和生物信息学为手段,以分子水平对真菌进行种属识别,与传统的表型分类系统相比,更为可靠、高效,极大地推动了真菌分类学的发展。因此,真菌分类学正处于一个划时代的转变时期,即由表型分类向基因型分类的转变,以形态学为基础的种属概念向以分子系统学为基础的种属概念转变。综合论述了分子系统学在真菌分类和命名中的应用,并介绍近年来真菌分类和命名方面的变化和进展,供国内科研和临床工作者参考。