基于生物信息学筛选乳腺癌放疗抵抗相关微小RNA的研究

作者：朱长春; 冯国兴; 樊赛军^*

来源：国际生物医学工程杂志, 2018, 41(03): 245-249,260.

DOI：10.3760/cma.j.issn.1673-4181.2018.03.009

• 乳腺癌
• 生物信息学
• 微小RNA
• 放疗抵抗

目的筛选乳腺癌放射治疗(放疗)抵抗相关微小RNA(miRNAs),为乳腺癌患者放疗抵抗的基础研究与临床应用研究提供实验基础。方法从基因表达综合数据库(GEO)中下载乳腺癌放疗患者相关miRNAs微阵列数据集GSE107743,利用GE02R分析工具筛选放疗后局部复发患者的差异表达miRNAs,mirDIP数据库预测差异表达miRNAs的靶基因,DAVID数据库对靶基因分别进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后采用实时荧光定量PCR在人乳腺癌细胞MCF-7中进行差异表达验证。结果采用GE02R分析工具筛选出9种与放疗抵抗相关的差异表达miRNAs,其中3种miRNAs(hsa-miR-600、hsa-miR-525-3p、hsa-miR-591)表达上调,6种miRNAs(hsa-miR-488-5p、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-520h、hsa-miR-488-3p、hsa-miR-744-3p、hsa-miR-103b)表达下调。靶基因预测结果显示,9种差异表达miRNAs的潜在靶基因共134个。靶基因显著富集在细胞周期、细胞凋亡、干细胞分化等相关生物学过程(均P<0.05)以及转化生长因子-β、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路等信号通路中(均P<0.05)。实时荧光定量PCR检测结果表明,6种miRNAs(hsa-miR-600、hsa-miR-525-3p、hsa-miR-591、hsa-miR488-5p、hsa-miR-582-3p、hsa-miR-520h)在经5 Gy137Csγ射线辐照后的MCF-7细胞中表达差异改变与GEO2R分析结果完全一致。结论利用生物信息学从乳腺癌放疗患者局部复发临床样本中筛选出的差异表达miRNAs可能与乳腺癌患者的放疗抵抗密切相关,有望成为放疗抵抗治疗的新靶点。

• 单位
  中国医学科学院北京协和医学院; 放射医学研究所