基于重测序的41份芝麻种质资源全基因组序列分析

作者：宋成孝; 舒中兵; 邓宽平; 金松; 覃成^*

来源：种子, 2022, 41(05): 41-50.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2022.05.041

• 芝麻
• 全基因组重测序
• SNP
• InDel
• SV
• 群体结构

为揭示贵州不同生态区域芝麻种质全基因组突变类型，通过41份芝麻种质资源的全基因组重测序对单核苷多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)、小片段插入缺失(Insertion-deletion, InDel)和结构变异(Structural Variation, SV)等进行检测并注释，明确各突变在全基因组范围内的突变数量与位置信息，并基于SNP数据对41份芝麻种质资源进行种群结构分析。结果表明，共检测到SNP位点20 940 797个，InDel位点2 989 500个，SV位点138 135个，其中SI＿35材料的SNP、InDel、SV三个变异类型位点数量均为最多，分别为1 032 613个、144 363个、5 328个。群体结构分析结果显示，41份芝麻种质资源包含4个亚群；主成分分析结果显示，各芝麻种质在主成分1、主成分2之间的相互距离及位置基本符合进化树和群体机构的分析结果。本研究为贵州芝麻种质资源的研究提供了初步的进化框架。

• 单位
  遵义职业技术学院