肾透明细胞癌差异表达基因及蛋白互作网络分析

作者：陈雅婧; 周玉美; 郑源强; 石艳春^*

来源：国际免疫学杂志, 2019, (06).

• 肾透明细胞癌
• 基因芯片
• 差异表达基因
• 蛋白互作网络

目的 通过分析肾透明细胞癌及癌旁组织基因芯片数据筛选潜在肿瘤生物标志物。方法 从数据库下载肾透明细胞癌芯片数据集GSE6344；利用R语言程序包对原始数据进行预处理并筛选差异表达基因；通过DAVID对差异表达基因进行GO分析；通过R语言的clusterProfiler进行KEGG分析；利用STRING在线软件分析差异基因表达蛋白之间的相互作用,通过Cytoscape按照节点数筛选关键基因。结果 通过分析获得229个符合条件的差异表达基因,其中与癌旁组织相比有117个基因上调,112个基因下调。GO分析显示差异表达基因主要参与细胞内信号级联放大、离子转运、损伤应答、脉管系统发育、细胞迁移等生物过程。KEGG分析显示差异表达主要富集在Rap1、MAPK和HIF-1等信号通路。通过蛋白互作网络筛选出EGFR、FLT1、ERBB4、EDN1和ALDOA等关键基因。结论 通过对差异表达基因进行生物信息学分析有助于对肾透明细胞癌病因和潜在分子机制的理解,筛选出的核心基因可能成为早期诊断标志物及治疗靶点。

• 单位
  内蒙古医科大学