基于19个重点城市创新要素实际,构建创新环境、创新支付、创新动能、发展趋势、开放水平5个维度20个指标的城市创新生态系统评价指标体系,根据2017—2019年数据,应用全局主成分模型提取主成分和计算得分,并进行聚类分析。研究发现:创新环境与创新支付影响显著;各城市重视程度提高,但得分差距拉大;城市间差异明显,各有优势。由此建议提升创新环境品质、建立全生态创新系统、培育城市创新动能、促进跨区域创新系统协同发展。