冬凌草叶绿体基因组密码子偏好性分析

作者：蔡楚平; 肖善芳; **兰; 郭松^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-18.

• 冬凌草
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

为了探究中药冬凌草叶绿体密码子偏好性以及偏好性成因，本研究以中药冬凌草叶绿体基因组53条蛋白质编码序列作为材料进行统计分析。结果表明，有29条蛋白质编码序列的密码子RSCU>1，其中以A/U结尾的有28条，说明以A/U结尾是冬凌草叶绿体基因组的偏好方式。冬凌草叶绿体基因组密码子的GC含量为GC1 (46.79%)>GC2 (39.44%)>GC3 (28.07%)，ENC值大于45的有34个，平均值为47.053，说明其叶绿体基因组蛋白质编码序列的密码子选择偏性较弱。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot等分析结果表明，冬凌草叶绿体基因组密码子的偏好性主要受到选择作用的影响。利用构建的高低基因表达库，最终确定18个最优密码子：AAA、ACU、AGU、AUU、CAA、CCU、CGA、CGU、CUU、GAA、GAU、GCU、GGU、GUA、GUU、UCU、UGU、UUA。冬凌草叶绿体基因组密码子的偏性较弱，偏好A/U结尾的密码子。密码子的使用偏好性受到突变及选择等多种作用共同影响。

• 单位
  广西科技师范学院