基于马尔科夫链的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位点概率预测

作者：刘辉; 张纪阳; 孙汉昌; 徐长明; 张伟; 马海滨; 朱云平; 谢红卫

来源：生物物理学报, 2011, (06): 528-536.

• 蛋白鉴定
• 胰蛋白酶肽段
• 酶切/漏切肽段
• 马尔科夫链
• 概率预测 Protein identification
• Tryptic peptides
• Cleaved/missed peptides
• Markov chain
• Probabilistic prediction

在基于质谱技术的蛋白质鉴定过程中,数据库搜索是主要的方法。漏切位点和酶切规则决定了图谱候选肽段的范围,是数据库搜索算法的重要参数。对于常用的胰蛋白酶切来说,除了局部构象、三维结构、实验条件,以及其它偶然因素会影响赖氨酸K或者精氨酸R后的位点能否被酶切外,该位点附近的其它氨基酸也会影响蛋白水解酶的酶切效果。从质谱图谱中时常会鉴定出包含漏切位点的肽段,因此,预测蛋白质的酶切位点能够为数据库搜索算法提供更为可靠的模型,也能够为了解和分析蛋白质的酶切规律提供依据。本文提出了一种基于马尔科夫(Markov)链的预测方法,能够利用蛋白质的序列信息来预测候选酶切位点的酶切概率,在蛋白酶切过程中,预测肽段的覆...

• 单位
  蛋白质组学国家重点实验室; 国防科学技术大学; 自动化学院; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 北京蛋白质组研究中心