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摘要
结合传统培养方法与基于PacBio Sequel平台的单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)三代测序技术,对中国婴儿肠道菌群中的乳酸菌进行分离鉴定并分析其多样性,同时探究抗生素治疗对婴儿肠道乳酸菌多样性的影响。采用稀释涂布法培养分离粪便样品菌落,运用生理生化试验及16S rDNA序列比对鉴定菌株,并分析不同菌株间的系统发育关系。同时提取整体粪便样品的基因组DNA进行16S rDNA全长SMRT测序,利用QIIME、Mothur等生物信息学分析软件进行细菌群落结构和多样性分析。结果表明:中国婴儿肠道菌群中乳酸菌丰度及多样性普遍较低,传统培养方法分离出7种共32株乳酸菌,经鉴定为Lactobacillus rhamnosus、Enterococcus faecalis、L.gasseri、L.plantarum、L.casei、Pediococcus pentosaceus与Bifidobacterium longum; SMRT测序技术共获得11种乳酸菌,分别为L. rhamnosus、E.faecalis、L. gasseri、L. casei、P. pentosaceus、L. paracasei、L. salivarius、L. paraplantarum、L. porcinae、B. pseudocatenulatum、B.longum。其中,抗生素组仅分离检测到2种乳酸菌,分别为L.porcinae和E.faecalis。传统培养方法与SMRT测序技术对婴儿肠道菌群中乳酸菌多样性的分析存在差异,且抗生素的使用会降低婴儿肠道菌群中乳酸菌的多样性。
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