中国荷斯坦牛TLR1基因SNPs快速筛查及蛋白功能预测

作者：吴恩芸; 任稳稳; 李耀东; 刘丽霞; 曹忻; 张丽^*

来源：核农学报, 2019, 33(10): 1940-1948.

• 中国荷斯坦牛
• TLR1基因
• 单核苷酸多态性
• 蛋白质功能预测

为探究中国荷斯坦牛Toll样受体1(TLR1)基因与中国荷斯坦牛乳房炎抗性的关联性,以中国荷斯坦牛为试验对象,构建DNA混合池,采用PCR扩增和直接测序法对中国荷斯坦牛TLR1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,从而筛选出对中国荷斯坦牛免疫方面有显著影响的SNPs位点,同时应用在线软件对中国荷斯坦牛TLR1基因编码的蛋白质进行功能预测。结果表明,中国荷斯坦牛TLR1基因编码727个氨基酸,组成了一种不稳定的水溶性蛋白,蛋白质二、三级结构均以α-螺旋为主;PCR扩增后,在扩增片段处共发现8个SNPs位点,分别为A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、C1451T-TLR1、A1461G-TLR1、A1475C-TLR1、G1550A-TLR1、G1596A-TLR1,其中A61T-TLR1、C632A-TLR1、C1408T-TLR1、A1461G-TLR1、G1596A-TLR1属错义突变,分别由原来的赖氨酸(Lys)、苯丙氨酸(Phe)、丙氨酸(Ala)、异亮氨酸(Ile)、缬氨酸(Val)突变为甲硫氨酸(Met)、亮氨酸(Leu)、缬氨酸(Val)、缬氨酸(Val)、异亮氨酸(Ile),SNPs位点的等位基因频率在突变前后均存在差异。DNA池结合直接测序技术检测到TLR1基因8个SNPs位点,可作为中国荷斯坦牛乳房炎的遗传标记进行深入研究;蛋白质功能预测结果表明,有多种与免疫相关的因子几率较高。本研究结果为中国荷斯坦牛在分子领域的抗病育种提供了理论依据。

• 单位
  西北民族大学