基因生物信息学的脓毒症潜在发病机制研究及生物标记物筛选

作者：王海清; 左文; 陈睦虎; 胡迎春; 杨蕊萍; 钟武

来源：西南医科大学学报, 2018, 41(01): 27-31.

• 生物信息学
• 脓毒症
• GEO数据库
• GCBI

目的:全方位了解脓毒症发生发展机制,从而筛选相关核心基因,为临床治疗脓毒症提供新靶点。方法:从基因表达数据库(GEO)中获取GSE28750芯片数据,使用GCBI在线实验室筛选出差异表达基因,分别使用基因本体论分析(GO分析)、代谢通路分析(pathway分析)、基因信号网络分析、共表达分析对所获得基因进行分析。结果:与对照组相比,脓毒症组共获得2 457个差异表达基因,其中上调基因1 282个、下调基因1 175个;差异表达基因主要涉及免疫反应、细胞分化、血液凝固等方面;pathway分析发现核心信号通路主要涉及物质代谢、信号转导、抗感染等方面;基因信号网络分析发现核心基因为:GNAI3、PIK3CB、MAPK14、IL8;共表达网络分析推测核心基因为GYG1、SERPINB1、SAMSN1、ATP11B。结论:生物信息学有助于全面深入研究疾病发生机制,筛选可能的核心靶点,为临床治疗脓毒症提供参考。

• 单位
  西南医科大学