基于SLAF-seq技术的宝华鹅耳枥SNP开发及遗传多样性分析

作者：王淑安; 汪庆; 李素梅; 王鹏; 杨如同; 李亚^*

来源：分子植物育种, 2022, 20(11): 3722-3729.

DOI：10.13271/j.mpb.020.003722

• 宝华鹅耳枥
• SLAF-seq
• SNP
• 遗传结构
• 遗传多样性

本研究利用简化基因组测序技术SLAF-seq对宝华鹅耳枥野生种群的40份个体进行分析，构建SLAF-seq文库，以多态性SLAF标签开发特异性的单核苷酸多态性(SNP)标记，基于此SNP标记分析宝华鹅耳枥野生种群的遗传结构和多样性。结果显示，采用酶切方案的酶切效率为93.49%，双端比对效率为97.40%，共获得277.52 Mb reads数据，测序平均Q30为94.75%，平均GC含量为37.99%。通过生物信息学分析，共获得个1 124 547个SLAF标签，标签的平均测序深度为32.81倍，其中多态性的SLAF标签有222 029个，共开发获得1 267 011个SNP，并基于这些SNP分析了宝华鹅耳枥野生种群的群体结构和遗传多样性。结果表明，SLAF-seq技术能高效地开发出适用于宝华鹅耳枥群体遗传分析的SNP标记，获得了宝华鹅耳枥现存野生种群的遗传背景，为其种群的评价和管理方案的制定提供了基础数据。

• 单位
  江苏省中国科学院植物研究所; 南京中山植物园