本发明涉及一种基于模拟退火的核酸结构预测方法,通过最小茎区数和环中最小碱基数来确定随机点匹配列表和每组随机点对应的连续匹配数,生成茎区候选区域,再利用了模拟退火的思想,使得更快的产生有效匹配,最后引入能量评价函数,来提高RNA分子假结预测的准确率,从而达到降低了时间复杂度和空间复杂度,以及提高了RNA分子假结预测的准确率。