本文首次将基于位置权重矩阵的打分函数用于蛋白质二级结构的预测中.我们选取CB513数据库作为基准数据库,首先在库中截取11残基和21残基片段,依据中心残基的二级结构类型分成3个集合;然后分别建立20种氨基酸、以及依据亲疏水性约化成的6种氨基酸在3个集合中的位置权重矩阵;对于任意一个待测的序列片段X通过和3个位置权重矩阵比较,应用打分函数得到3个不同的分值,比较哪个分值最大X就属于哪一类;最后在误差允许范围内对预测结果进行修正,得到的预测精度Q3最高达到了80%.
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