本发明公开了一种太阳跟踪式水面高光谱自动观测及数据采集系统,包括自动跟踪装置、数据采集装置及计算机;本发明依据太阳方位角的计算公式编制云台操控程序,将其输入到云台操控装置内,对旋转云台、高光谱测量仪的运行轨迹进行控制,使高光谱测量仪能够跟踪太阳方位变化自动调整观测几何角度,并且将高光谱测量仪采集的水面\天空光学信息自动存入到光谱信息存储器,将高光谱测量仪采集的数据信息通过FileGee备份系统自动存入到百度网盘中,方便数据的远程下载、检查及处理。