肾癌环状RNA表达谱和调控通路分析

作者：纪梓良; 路瑞静; **; 温志强; 郑清友

来源：癌症进展, 2021, 19(08): 783-786+818.

DOI：10.11877/j.issn.1672-1535.2021.19.08.07

• 环状RNA
• 肾癌
• 表达谱
• 调控网络

目的检测肾癌环状RNA(circRNA)表达谱并预测其调控通路。方法对3例肾癌患者的肾癌组织及癌旁正常肾组织标本进行高通量测序,结合生物信息学的方法预测差异表达的circRNA在肾癌中的调控通路。结果共鉴定出4661个circRNA,其中1963个为新发现的circRNA,89.89%(4190/4661)circRNA是外显子circRNA,其余的circRNA包括4.66%(217/4661)内含子circRNA和5.45%(254/4661)基因间circRNA。这些circRNA广泛分布在整个人类染色体中,其中2号染色体包含463个circRNA,而Y染色体仅包含10个circRNA。circRNA的长度为78～181 652 nt,其中位长度为652 nt,43.77%的circRNA长度为200～600 nt。与癌旁组织相比,肾癌组织中发现53个显著异常表达的circRNA,包括21例上调和32例下调的circRNA(倍数≥2.0,P﹤0.05)。分别选取表达差异倍数最高的4个上调和下调的circRNA,构建circRNA/微小RNA(miRNA)/mRNA调控网络,有助于预测circRNA在肾癌中的调控通路。结论本研究阐明了肾癌circRNA的表达模式和差异表达的circRNA,并预测及构建了circRNA/miRNA/mRNA调控网络,用于指导后期关于肾癌circRNA的研究。

• 单位
  深圳市宝安区妇幼保健院; 南方医科大学深圳医院