太平天国运动爆发后,清政府囿于国库空虚,被迫下令地方自筹军饷,厘金作为湘军饷需的最大来源,有效地解决了财政紧张、军费无着的难题。战后,湘军将领纷纷占据东南地区督抚职位,基本上掌握了厘金的征收、管理和使用,厘金也由临时性走向制度化。由于缺乏有效的监管机制,厘金的存在不断弱化朝廷对地方财政的控制能力,最终导致了清末地方督抚专权局面的形成。