伊犁郁金香叶绿体基因组微卫星序列特征分析

作者：秦斗文; 么玉龙; 冯伊玲; 刘伟强; 田吉婷; 巨秀婷

来源：种子, 2023, 42(12): 9-16.

DOI：10.16590/j.cnki.1001-4705.2023.12.009

• 伊犁郁金香
• 叶绿体基因组
• 微卫星
• 序列特征

为明确伊犁郁金香叶绿体微卫星特征，为后续伊犁郁金香及郁金香属的系统发育、比较基因组学及遗传改良研究提供参考，同时也为郁金香属的物种分类提供新的依据，以伊犁郁金香叶绿体基因组为研究对象，运用MISA、REPuter、SPSS相关软件，对其叶绿体微卫星序列分布特征和规律进行了全面分析。结果表明，在伊犁郁金香151 744 bp的叶绿体全基因组序列上共确定224个SSR位点，平均每677.43 bp出现1个微卫星位点，相对丰度和相对密度分别为1 568.43 loci/Mb和15 433.89 loci/Mb,其分布范围主要集中在大单拷贝区；伊犁郁金香叶绿体基因组微卫星重复序列共有6种类型，其中单碱基重复序列最多，为114个(47.90%),其次是三碱基重复序列，为96个(40.34%)、二碱基重复序列，为17个(7.14%)、四碱基重复序列，为7个(2.94%)、六碱基重复序列，为3个(1.26%),而五碱基重复序列仅有1个(0.42%);叶绿体基因组微卫星的长度区间为8～32 bp,从整个重复长度区间来看主要集中分布在8～10 bp,共计174个(占总SSR的77.67%),长度分布在20～32 bp的有11个，微卫星重复序列的数量与序列长度、相对丰度和相对密度均呈极显著相关。伊犁郁金香叶绿体基因组上的微卫星位点大多数具有多态性的潜能，可为其遗传多样性研究、多态性叶绿体基因组微卫星分子标记开发及应用、野生种质资源的保护和开发利用等提供科学依据。

• 单位
  青海大学农牧学院; 青海大学