通过生物信息学分析筛选弥漫性大B细胞淋巴瘤的关键miRNA和治疗靶点

作者：赵荣青; 郭菲; 张威; 屠艳烨; 李情操; 吴巧萍^*

来源：中国卫生检验杂志, 2023, 33(17): 2118-2121.

• 弥漫性大B细胞淋巴瘤
• 生物信息学
• 小分子核糖核酸
• 靶基因

目的 基于生物信息学分析的方法寻找影响弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B cell lymphoma, DLBCL)的关键miRNA和治疗靶点。方法 对GEO数据库中的基因芯片数据进行检索筛选，获取DLBCL相关的非编码RNA(miRNA)表达芯片GSE173080,利用在线分析工具GE02R对芯片数据进行分析，筛选差异表达的miRNA。通过miRWALK软件预测靶基因，并进行miRNA和靶基因的负相关分析。利用DAVID软件对靶基因进行基因本体论(gene ontology, GO)和KEGG通路富集分析。通过STRING软件建立蛋白相互作用网络，并进行聚类分析。此外，通过GEPIA数据库进行靶基因的表达验证。结果 共筛选出34个差异表达的miRNA,包括28个表达上调的miRNA和6个下调的miRNA。结论 hsa-miR-193a-3p、hsa-miR-212-3p和hsa-miR-28-5p是影响DLBCL的关键的肿瘤抑制miRNA,其对应的靶基因为将来DLBCL的临床诊断和靶向治疗提供了相关依据。

• 单位
  宁波市医疗中心李惠利医院