牛羊常发疾病较多,其中以细菌性疾病在临床中最为常见,通常发生消化道、呼吸道和全身感染;消化道中由于存在大量益生微生物,检疫时常采用菌群对比法和分子生物学法将致病菌区分鉴别;呼吸道和全身感染性菌血症的检疫相对消化道疾病检疫简单,结果也更为可靠;临床常见的致病菌有沙门氏菌、布氏杆菌、魏氏梭菌、巴氏杆菌、大肠杆菌、链球菌和葡萄球菌等,每种病原都有各自的生物学特性,临床可根据这些特性的差异性进行准确检疫。