作为一种新型的共谋形式,算法共谋的技术性、稳定性、智能化和隐蔽性特征使得算法共谋的反垄断规制面临诸多困境。在价值层面存在效率与公平、自由与秩序的权衡困境,在意思联络的认定上存在证明难问题,在识别共谋和收集证据上存在技术性困境,在责任承担上存在归属和分配难题。为有效规制算法共谋行为,需要在价值层面兼顾经济效率与实质公平、经营自由与市场秩序,从源头引导、过程监管和结构规制三个维度构建多元规制体系,适度扩展意思联络的认定标准,明确算法共谋责任的归属和分配。