PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文)

作者：孙汉昌; 李栋; 王建; 刘中扬; 朱云平; 谢红卫; 贺福初

来源：生物化学与生物物理进展, 2009, (12): 1613-1616.

• 系统生物学
• 生物学通路
• 蛋白质-蛋白质相互作用
• 交联元件
• 通路扩展
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Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件.

• 单位
  军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 蛋白质组学国家重点实验室; 北京蛋白质组研究中心; 国防科技大学; 自动化学院