转录组与蛋白组关联分析探讨草酸钙结石晶体对HK-2细胞基因表达的影响

作者：张圣平; 邓琼; 张颖; 张建文; 梁辉; 王铸

来源：现代泌尿外科杂志, 2022, 27(11): 927-931.

DOI：10.3969/j.issn.1009‐8291.2022.11.008

• 草酸钙结石
• 转录组
• 蛋白组
• 近曲肾小管上皮细胞
• 肾结石

目的 探讨草酸钙结石晶体对人近曲肾小管上皮细胞HK-2的影响。方法 建立草酸钙结石与HK-2细胞相互作用的模型，进行转录组和蛋白组表达谱高通量定量研究。筛选差异表达基因，通过InterProScan进行GO富集分析，KEGG Mapper进行KEEG信号通路分析及蛋白质相互作用网络STRING分析。结果 转录组与蛋白组定量研究分别定量到57 833个转录本和6 407个蛋白。通过比较转录组与蛋白组的定量情况，发现有6 144个基因在转录组和蛋白组水平都定量。蛋白水平464个分子显著下调，699个分子显著上调。转录组水平11个分子下调，14个分子上调。GO分析发现，线粒体衍生囊泡与腺嘌呤跨膜转运体活性、snRNA的细胞核输出以及中心粒周围异染色质组装具有最高的富集指数。KEEG富集分析显示缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解、初级胆汁酸生物合成、维生素B6代谢、硫中继系统以及糖胺聚糖生物合成和DNA非同源末端链接为最显著的KEEG通路。蛋白互作网络发现MYH9、MYH14、MYH1、MYL12A、ACTB、ARPC1A、ARPC2、ANXA2、CFL1、PRDX1、PRXD2共11个关键调控因子。结论 转录组与蛋白组关联分析筛选所得关键通路及关键基因可能在肾结石形成过程中扮演重要角色。

• 单位
  龙华医院; 南方医科大学